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藥物不良反應的原因十分復雜。藥物種類繁多，給藥方法不同，患者體質及疾病程度也各異，都與藥物不良反應的發生有密切的關聯。從大的方面講，主要有以下幾方面。

1、藥物因素：任何事物都有兩個方面，藥物也不例外。一種藥物有兩種以上作用是十分常見的，其中一種作為治療作用時，其它作用就是副作用。有些藥物制劑中含有添加劑、增溶劑、穩定劑、著色劑、藥物合成中產生的雜質等，均可能引起不良反應。有的藥物的分解產物是有毒的，如副醛在存貯過程中可分解成乙醛，進一步氧化成有毒的乙酸。

2、人體因素：人體體質不同，性別差異，年齡大小，都與藥物不良反應的發生有關。藥物引起的系統性紅斑狼瘡，女性的發病率比男性高3倍。一些耳毒性抗生素如鏈霉素和慶大霉素，小兒排泄比成人慢，只要達到一定的劑量，就可引起中毒反應。新生兒特別是早產兒，因參與藥物代謝和消除的酶發育較差，血－腦屏障功能發育不完善，更易產生各種藥物不良反應。特異性體質也是引起過敏反應及特異質反應的重要原因。

3、與藥物吸收、分布、排泄有關的因素：有些藥物的不良反應與藥物的藥理作用有關，常表現為劑量依賴性，因此，與血液藥物濃度密切相關的藥物，其吸收、分布、排泄等有關因素對這些藥物的不良反應有重要影響。如藥物與血漿蛋白結合減少，會增加游離藥物濃度，使藥效增強，以致產生不良反應；肝腎功能受損時，對依賴肝臟代謝解毒或由腎臟排泄的藥物，將會延長藥物的作用時間，易引起不良反應。

4、藥物的相互作用：在臨床實踐中，為了加強療效，減輕副作用，采用聯合用藥是很普遍的。與此同時，聯合用藥過程中由于藥物相互作用帶來的不良反應也常有發生，甚至造成嚴重后果，如抗焦慮藥地西泮和催眠藥水合氯醛合用可致過度抑制；降低血小板聚集的藥物（如阿司匹林）與華法林合用可增加出血的傾向。