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亞急性硬化性全腦炎起病隱匿、病程呈亞急性進行性發展。根據病情演變的特點大致可分為4期。

亞急性硬化性全腦炎是一種慢病毒感染，所以有些孩子在2歲以前得了麻疹，可以在5-8年以后發病，最短的孩子可以在麻疹感染以后１個月發病，最長的可以在27年以后發病。而目前因為預防接種的普及，使麻疹的患病率下降，但是學者們又發現接種麻疹疫苗也可以使孩子患上亞急性硬化性全腦炎，接種后最短1個月，最長9年發病。

亞急性硬化性全腦炎最初的癥狀只是表現出孩子性格的改變及智力水平的下降。家長逐漸會發現孩子出現行為和精神障礙，如表情淡漠、注意力不集中、記憶力減退、學習成績差以及不合群、易激惹或孤僻少語性格和行為異常等。有時發病早期出現眼部癥狀、視力減退，以后逐漸成癡呆樣，對外界沒有反應。幾周或幾個月以后，孩子的病情明顯加重，出現身體不同部位的肌肉的抽動醫學稱為肌陣攣，同時還可以有其它形式的表現，如舞蹈樣的表現、震顫等。一般在1-4個月以后孩子的智力全部喪失，身體也成一種頭和雙腿向后出現醫學上稱為角弓反張的樣子，嚴重的孩子發生昏迷。隨著時間的推移有的孩子是可從昏迷中醒來，但孩子的腦功能已完全喪失。最后可因各種病原菌的感染而死亡。整個這個疾病過程大約半年到2年。