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細菌性痢疾，顧名思義是由細菌引起。抗生素可殺滅和抑制細菌的生長，所以要合理地應用有效的抗生素。所謂“合理”、“有效”，有多種含意，因為并非所有的抗生素都適用于治療細菌性痢疾，應注意選擇對痢疾桿菌有殺滅作用的抗生素。另外，應用抗生素時，在用藥的方法，用藥的療程上，因急性、中毒性、慢性痢疾而有所不同。常用的藥物有復方新諾明、氨芐青霉素、氟哌酸、吡哌酸、慶大霉素、卡那霉素、菌必治、痢特靈、黃連素等。在用藥方法上，有口服和注射，注射分肌肉注入和靜脈輸入，還有將藥物經肛門注入的灌腸。如前所述采用哪種方法，須根據不同年齡、病情的輕重、痢疾的類型(急性、中毒性、慢性)而決定。

急性痢疾患兒，如年齡較大，病情不重，可以在家服藥治療。如病情重，腹瀉頻數、高熱不退，特別是嬰幼兒應住院，經靜脈用藥。中毒性痢疾患兒則必須注射治療。用藥的療程是7天，即使癥狀和大便性質都恢復正常，也應按時用藥。對治愈的要求，最理想的是大便培養陰性。此外，還應作好對癥處理，高熱應及時降溫，中毒性痢疾還需進行相應的搶救措施，如積極制止抽風，及時糾正休克等。

慢性痢疾的治療難度較大，患兒久病身體虛弱，自身抗病能力差；所用抗生素較多、時間較久，細菌多產生了耐藥性，治療效果較差。因此，用藥時間要長，還應根據患兒的癥狀采用不同的治療方法。

常采用間歇療法，即用藥7～10天，停4天，再用藥4天，如此用藥整個療程共23～26天。治療效果不佳時，可采用藥物灌腸，每日1次，療程7～12天。還可同時用中藥治療。為提高患兒自身抵抗力，可采用支持療法，小劑量反復輸血或輸血漿。